COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 4.618952 2.581158 2.840306
2020-09-27 17:00:00 3.286376 3.286376 2.833454
2020-09-26 17:00:00 3.013301 3.013301 2.816155
2020-09-25 17:00:00 2.987080 2.987080 2.822397
2020-09-24 17:00:00 2.751968 2.751968 2.802927
2020-09-23 17:00:00 2.572025 2.572025 2.781571
2020-09-22 17:00:00 2.820955 2.820955 2.756981

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 3.149606 0.383142 2.425337
2020-09-27 17:00:00 3.671875 3.671875 2.287668
2020-09-26 17:00:00 1.889020 1.889020 2.144070
2020-09-25 17:00:00 5.044510 5.044510 2.244745
2020-09-24 17:00:00 1.578459 1.578459 2.262682
2020-09-23 17:00:00 1.836394 1.836394 2.229142
2020-09-22 17:00:00 2.589928 2.589928 2.229608

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 3.763441 3.763441 2.178777
2020-09-27 17:00:00 9.055877 2.504817 2.132108
2020-09-26 17:00:00 3.012048 3.012048 2.002961
2020-09-25 17:00:00 1.529412 1.529412 1.878047
2020-09-24 17:00:00 1.206434 1.206434 1.764402
2020-09-23 17:00:00 2.998236 2.998236 1.653757
2020-09-22 17:00:00 2.426343 2.426343 1.545714

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 0.512821 0.277316 0.856337
2020-09-27 17:00:00 1.657754 1.657754 0.887100
2020-09-26 17:00:00 0.850340 0.850340 0.920617
2020-09-25 17:00:00 0.524109 0.524109 0.966126
2020-09-24 17:00:00 0.488599 0.488599 0.982833
2020-09-23 17:00:00 1.003698 1.003698 1.009298
2020-09-22 17:00:00 1.567603 1.567603 1.011954

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 11.451863 6.302745 4.787733
2020-09-27 17:00:00 5.633479 5.633479 4.604194
2020-09-26 17:00:00 5.226016 5.226016 4.449344
2020-09-25 17:00:00 3.628281 3.628281 4.285667
2020-09-24 17:00:00 3.890662 3.890662 4.110573
2020-09-23 17:00:00 5.736757 5.736757 3.997516
2020-09-22 17:00:00 21.224490 3.096160 3.900288

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 3.231939 3.231939 2.603301
2020-09-27 17:00:00 2.568906 2.568906 2.590024
2020-09-26 17:00:00 2.085088 2.085088 2.621982
2020-09-25 17:00:00 2.959728 2.959728 2.645783
2020-09-24 17:00:00 1.543499 2.402038 2.648137
2020-09-23 17:00:00 1.887850 2.450267 2.643624
2020-09-22 17:00:00 1.405622 2.710843 2.683528

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 0.583090 0.583090 2.622452
2020-09-27 17:00:00 2.554745 2.554745 2.655222
2020-09-26 17:00:00 3.778866 3.778866 2.670483
2020-09-25 17:00:00 2.936508 2.936508 2.730050
2020-09-24 17:00:00 2.432667 2.432667 2.727752
2020-09-23 17:00:00 3.580402 2.010050 2.702800
2020-09-22 17:00:00 1.739130 1.739130 2.703625

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 3.161996 3.161996 2.775264
2020-09-27 17:00:00 2.641950 2.641950 2.707621
2020-09-26 17:00:00 3.020690 3.020690 2.667535
2020-09-25 17:00:00 2.464374 2.464374 2.622457
2020-09-24 17:00:00 2.787203 2.787203 2.581738
2020-09-23 17:00:00 2.317291 2.317291 2.526813
2020-09-22 17:00:00 3.299598 3.299598 2.466436

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 10.834990 10.834990 7.264209
2020-09-27 17:00:00 5.044843 10.874439 7.208512
2020-09-26 17:00:00 6.198083 6.198083 7.039681
2020-09-25 17:00:00 5.340161 5.340161 6.783952
2020-09-24 17:00:00 6.398996 6.398996 6.562303
2020-09-23 17:00:00 5.572755 5.572755 6.353239
2020-09-22 17:00:00 7.028112 7.028112 6.189987

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 2.452597 0.987552 1.708120
2020-09-27 17:00:00 2.026837 2.026837 1.734151
2020-09-26 17:00:00 2.084860 2.084860 1.746949
2020-09-25 17:00:00 2.154468 2.154468 1.770736
2020-09-24 17:00:00 1.651164 1.651164 1.795959
2020-09-23 17:00:00 1.403911 1.403911 1.789615
2020-09-22 17:00:00 1.539633 1.539633 1.770636

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 2.304147 2.447552 2.774792
2020-09-27 17:00:00 2.605863 2.605863 2.815054
2020-09-26 17:00:00 2.786710 2.786710 2.849516
2020-09-25 17:00:00 3.720406 3.720406 2.885708
2020-09-24 17:00:00 1.910112 1.910112 2.948285
2020-09-23 17:00:00 3.860072 3.860072 3.055003
2020-09-22 17:00:00 2.623907 2.623907 3.062420

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 0.569801 1.166181 1.216633
2020-09-27 17:00:00 4.861111 2.777778 1.210858
2020-09-26 17:00:00 1.366120 1.366120 1.217419
2020-09-25 17:00:00 1.039501 1.039501 1.203892
2020-09-24 17:00:00 1.250000 1.250000 1.182435
2020-09-23 17:00:00 0.584795 0.584795 1.185469
2020-09-22 17:00:00 1.036269 1.036269 1.159431

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 6.188119 3.711952 3.637724
2020-09-27 17:00:00 3.216374 3.216374 3.591016
2020-09-26 17:00:00 4.166667 4.166667 3.588818
2020-09-25 17:00:00 4.805915 3.633721 3.470779
2020-09-24 17:00:00 2.717391 2.717391 3.322646
2020-09-23 17:00:00 5.580694 5.580694 3.200956
2020-09-22 17:00:00 1.856148 1.856148 3.162797

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 17.699115 17.699115 3.606966
2020-09-27 17:00:00 6.078148 3.328509 3.606240
2020-09-26 17:00:00 5.156724 2.325581 3.556512
2020-09-25 17:00:00 2.628571 2.628571 3.556323
2020-09-24 17:00:00 5.463183 5.463183 3.525521
2020-09-23 17:00:00 2.941176 2.941176 3.540690
2020-09-22 17:00:00 4.273504 4.273504 3.592307

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 5.216426 5.216426 3.652723
2020-09-27 17:00:00 4.336399 3.219448 3.530752
2020-09-26 17:00:00 3.160071 3.160071 3.514830
2020-09-25 17:00:00 4.127967 4.127967 3.589120
2020-09-24 17:00:00 2.931229 2.931229 3.560797
2020-09-23 17:00:00 3.576807 3.576807 3.605178
2020-09-22 17:00:00 9.061489 9.061489 3.600532

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 5.232558 3.517686 3.086297
2020-09-27 17:00:00 4.518430 4.518430 3.004502
2020-09-26 17:00:00 1.825994 1.825994 3.044910
2020-09-25 17:00:00 3.589948 3.589948 3.031543
2020-09-24 17:00:00 2.796935 2.796935 2.983614
2020-09-23 17:00:00 3.112977 3.112977 3.027777
2020-09-22 17:00:00 2.499068 2.499068 3.033413

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 3.151618 3.448276 3.451938
2020-09-27 17:00:00 6.888008 3.121903 3.585092
2020-09-26 17:00:00 4.020421 4.020421 3.596510
2020-09-25 17:00:00 3.481979 3.481979 3.665750
2020-09-24 17:00:00 3.391572 3.391572 3.682409
2020-09-23 17:00:00 2.598091 2.598091 3.641389
2020-09-22 17:00:00 2.875746 2.875746 3.616886

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 6.845638 6.845638 3.332142
2020-09-27 17:00:00 3.557181 3.557181 3.364017
2020-09-26 17:00:00 2.598016 2.598016 3.351924
2020-09-25 17:00:00 3.272171 3.272171 3.274022
2020-09-24 17:00:00 4.005127 4.005127 3.226576
2020-09-23 17:00:00 2.238431 2.238431 3.163936
2020-09-22 17:00:00 2.509877 2.509877 3.114993

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 2.972028 1.872453 2.374980
2020-09-27 17:00:00 1.972271 1.972271 2.413399
2020-09-26 17:00:00 2.505124 2.505124 2.427179
2020-09-25 17:00:00 2.965017 2.965017 2.403029
2020-09-24 17:00:00 3.143894 3.143894 2.399959
2020-09-23 17:00:00 1.915301 1.915301 2.377948
2020-09-22 17:00:00 2.073991 2.073991 2.343502

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 3.353659 1.040681 2.123123
2020-09-27 17:00:00 1.552106 1.552106 2.169066
2020-09-26 17:00:00 3.225806 3.225806 2.251896
2020-09-25 17:00:00 2.194656 2.194656 2.283502
2020-09-24 17:00:00 2.720450 2.720450 2.315617
2020-09-23 17:00:00 1.911469 1.911469 2.323732
2020-09-22 17:00:00 1.892285 2.650357 2.337943

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 1.612903 1.612903 2.945592
2020-09-27 17:00:00 0.000000 0.000000 2.933806
2020-09-26 17:00:00 10.000000 10.000000 2.771017
2020-09-25 17:00:00 1.612903 1.612903 3.065766
2020-09-24 17:00:00 2.083333 2.083333 3.021768
2020-09-23 17:00:00 3.278689 3.278689 2.977400
2020-09-22 17:00:00 0.909091 0.909091 2.986632

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-28 17:00:00 8.693587 8.693587 4.190995
2020-09-27 17:00:00 4.307776 4.307776 4.142145
2020-09-26 17:00:00 3.913043 3.913043 4.027269
2020-09-25 17:00:00 4.013104 4.013104 3.978674
2020-09-24 17:00:00 4.789494 3.370027 3.876112
2020-09-23 17:00:00 3.231366 3.231366 3.819533
2020-09-22 17:00:00 3.140670 3.140670 3.762812

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.149606 0.383142 2.425337
Basilicata 3.763441 3.763441 2.178777
Calabria 0.512821 0.277316 0.856337
Campania 11.451863 6.302745 4.787733
Emilia-Romagna 3.231939 3.231939 2.603301
Friuli Venezia Giulia 0.583090 0.583090 2.622452
Lazio 3.161996 3.161996 2.775264
Liguria 10.834990 10.834990 7.264209
Lombardia 2.452597 0.987552 1.708120
Marche 2.304147 2.447552 2.774792
Molise 0.569801 1.166181 1.216633
P.A. Bolzano 6.188119 3.711952 3.637724
P.A. Trento 17.699115 17.699115 3.606966
Piemonte 5.216426 5.216426 3.652723
Puglia 5.232558 3.517686 3.086297
Sardegna 3.151618 3.448276 3.451938
Sicilia 6.845638 6.845638 3.332142
Toscana 2.972028 1.872453 2.374980
Umbria 3.353659 1.040681 2.123123
Valle d'Aosta 1.612903 1.612903 2.945592
Veneto 8.693587 8.693587 4.190995
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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